Football Manager 2006 dành cho Windows và Mac OS được phát hành vào ngày 21 tháng 10 năm 2005 ở Vương quốc Anh (sớm hơn 2 tuần so với ngày phát hành dự kiến 4 tháng 11). Cùng ngày ra mắt game, Sports Interactive cũng cho ra mắt bản vá (patch) nhằm sữa một số lỗi phát hiện được trong quá trình thử nghiệm. Ngay trong tuần đầu ra mắt, nó đã trở thành game PC bán chạy thứ hai mọi thời đại ở Vương quốc Anh.[1]

Bên cạnh việc cập nhật một mùa giải mới so với FM 2005, FM 2006 còn bao gồm rất nhiều sự điều chỉnh cũng như sự cải tiến đối với gameplay. Những sự điều chỉnh này bao gồm chế độ nói chuyện với cầu thủ (team-talks), đơn giản hóa việc tập luyện, và màn hình trợ giúp trong game. Cùng với đó, game cũng được cập nhật bởi rất nhiều tình nguyện viên (những người hâm mộ tình nguyện cộng tác) Dữ liệu thường xuyên được cập nhật 2 lần trong suốt quá trình phát hành. Bản thứ nhất khi phát hành game, và bản thứ hai thường có thể download vào tháng 2, như một bản cập nhật miễn phí nhằm cập nhật thị trường chuyển nhượng mùa đông. Như thường lệ, một bản demo ra mắt ngày 2 tháng 9 năm 2005, và sau đó ngày 30 tháng 9 là bản gold demo. Đó là một phiên bản giới hạn thời gian của bản chính thức.

Football Manager 2006 - Xbox 360

Phiên bản dành cho Xbox 360 ra mắt ngày 13 tháng 4 năm 2006 và là phiên bản đầu tiên dành cho thiết bị chơi game trong nhà của series Football Manager, bao gồm hệ thống 50 giải đấu có thể chơi được, cùng với dữ liệu đồ sộ gồm 250.000 cầu thủ (rất gần với con số của phiên bản PC), nhưng do đó dung lượng file lưu trữ cũng lớn, đòi hỏi ổ cứng của Xbox. Game cũng được miễn phí rộng rãi.

Phiên bản này cũng sử dụng chức năng Xbox Live, cho phép người chơi tạo các giải đấu trực tuyến gồm tối đa 16 đội bóng có thể sử dụng dữ liệu khi chơi ngoại tuyến. Chức năng trao đổi qua giọng nói cũng được hỗ trợ đầy đủ khi chơi. SI cũng đã xác nhận rằng sẽ phát hành nội dung mới thông qua hệ thống Marketplace.